Corre el año 49 a.C. cuando Julio César reúne en Corduba a los dirigentes de las principales Colonias de Hispania Ulterior, donde les agradece el apoyo recibido durante la Guerra. La lucha entre César y Pompeyo llegaba a su fin con un claro vencedor, pero no todos los Ciudadanos Romanos estaban a favor de César.

Un año más tarde, el cruel Gobernador y mano derecha de César en la Provincia, el Pretor Quinto Casio Longino, sufrió un atentado cuando se dirigía a la Basílica de la Ciudad. Tal acto fue la antesala de lo que ocurriría dos años más tarde cuando, haciendo uso del poder que les otorgaba el nombre de Pompeyo, y exprimiendo los recursos de la propia Provincia romana, Cneo y Sexto, hijos de quien fue aliado y enemigo de César, habían tomado el control de toda Hispania, incluyendo las Colonias Romanas de Itálica y Corduba. Cneo y Sexto Pompeyo habían reunido un Ejército de 13 Legiones compuestas por Veteranos fieles a Pompeyo, Ciudadanos Romanos de Hispania y los restos de su Ejército derrotado en África.

César viajó a la Capital de Hispania para aplastar la Rebelión. Tras perder una primera Batalla contra Cneo por el control del puente, César se vio obligado a pasar el Invierno en Ategua, lo que provocó el saqueo de la Zona para abastecer a su Ejército. Fueron muchos los que se unieron a la Rebelión de los Hijos de Pompeyo, pero no fueron suficientes. Obligados a refugiarse en la Ciudad tras la Batalla de Munda, Cneo y Sexto son asediados por el Ejército de César, que toma la Ciudad al asalto. Sexto consigue escapar de la ira de César, pero su hermano Cneo muere junto a otros 22.000 Cordubenses. Como castigo por apoyar la Rebelión y esconder a sus instigadores, la Ciudad queda prácticamente destruida.