En Underwater Cities, que dura entre 30 y 45 minutos por jugador, los jugadores representan los cerebros más poderosos del mundo, cerebros nominados debido a la sobrepoblación de la Tierra para establecer las mejores y más habitables áreas submarinas posibles.

El principio principal del juego es la colocación de cartas. Se colocan tres cartas de colores a lo largo del borde del tablero principal en ranuras de 3 x 5, que también están coloreadas. Idealmente, los jugadores pueden colocar cartas en ranuras del mismo color. Entonces los jugadores pueden tomar tanto acciones como ventajas: la acción representada en la ranura del tablero principal y también la ventaja de la carta. Las acciones y ventajas pueden permitir a los jugadores ingerir materias primas; construir y mejorar cúpulas, túneles y edificios de producción de la ciudad, como granjas, dispositivos de desalinización y laboratorios en su área submarina personal; activar las cartas del jugador; y coleccionar cartas, tanto especiales como básicas que permitan mejores posibilidades de decisión durante el juego.